Il 13 maggio 1981 Mehmet Ali Agca ha sparato al Santo Padre, papa Giovanni Paolo II, in piazza San Pietro a Roma. Nello stesso istante, il Pontefice si è piegato in avanti per guardare la medaglietta di Fatima di una bambina, evitando così, per un pelo, le pallottole mortali che dovevano colpirlo sulla testa e sul petto.
Un anno dopo, il Papa si è recato al santuario di Fatima, dove ha lasciato la pallottola dell’assassino come ringraziamento alla Madonna per avergli salvato la vita.
Il 13 maggio 2000, il papa ha beatificato Francisco e Giacinta Marto, due dei tre bambini che, con Lucia ancora viva a quella data, avevano visto la Vergine Maria a Fatima nel corso delle apparizioni del 1917. Lo stesso anno ha pubblicato il “Terzo segreto” di Fatima: la visione di suor Lucia del martirio di un “vescovo vestito di bianco” circondato da altri cattolici.
Nel 2002 Giovanni Paolo II ha aggiunto la festa della Madonna di Fatima al calendario della Chiesa cattolica, come memoriale facoltativo in data 13 maggio.