Dès la première année après la fondation du monastère, les moines réunis en l'église avaient vu une colonne de lumière effleurer l'autel, se transformer en barque lumineuse portant la Vierge, les anges, des saints (notamment les apôtres et les saints cavaliers, Théodore, Georges et Mercure), et aussi les innocents exterminés sur l'ordre d'Hérode. La Vierge ayant enjoint aux moines d'associer le peuple à ce miracle, un pèlerinage fut organisé. Il durait cinq jours et réunissait, dans d'immenses campements, des pèlerins égyptiens, éthiopiens, maronites, grecs, nestoriens, latins et même musulmans. Les fidèles adoptèrent la coutume de lancer vers la coupole de l'église, au moment de l'apparition, leurs turbans et foulards, et parfois la Vierge consentait à en toucher l'un ou l'autre. Chacun pouvait en outre demander et obtenir de voir, pressés autour de Notre-Dame, ses parents ou ses proches défunts, comme s'ils étaient vivants. Les apparitions du monastère d'Al-Maghti furent très connues en Ethiopie, grâce au Livre des miracles de Marie et elles sont même mentionnées dans le synaxaire éthiopien, à la date du 21 genbot/21 bachnas (29 mai). Selon ce Livre des miracles, confirmé par le géographe Al-Maqrîzî (mort en +1441), le monastère fut détruit en 1438, durant le ramadan, sur ordre du sultan mamelouk Barsbay al-Malik al-Ashraf Sayf ad-Dan.