Na temat wizji męczenników Kościoła kardynał Ratzinger wyjaśniał w 2000 roku: „Wizja trzeciej części sekretu (Matki Bożej Fatimskiej, Portugalia), tak bardzo niepokojąca na początku, kończy się obrazem nadziei: żadne cierpienie nie jest na próżno, i to właśnie Kościół cierpiący, Kościół męczenników staje się znakiem wskazującym dla człowieka szukającego Boga."
Ale Kardynał Ratzinger stawia pytanie o sens całej wizji. Przypomina :„wydaje sie, że wydarzenia, do których odnosi się trzecia część tajemnicy fatimskiej, należą do przeszłości. Jednakże wezwanie do nawrócenia i pokuty jest zawsze aktualne”.
Ci, którzy oczekiwali na ekscytujące apokaliptyczne rewelacje o końcu świata i przyszłym biegu historii będą rozczarowani. To, co pozostaje, to wezwanie do modlitwy jako droga do „zbawienia dusz”, i w tym samym znaczeniu, zaproszenie do pokuty i do nawrócenia.
Tiré des explications données par le cardinal Ratzinger à propos du 3e secret de Fatima, en 2000