13 maja 1981 r. Mehmet Ali Agca strzelił do Ojca Świętego Jana Pawła II na placu Świętego Piotra w Rzymie. W tym samym momencie Papież pochylał się nad medalikiem Matki Bożej Fatimskiej, który miała mała dziewczynka. Tylko w ten sposób uniknął śmiertelnych kul, które powinny trafić go w głowę i w klatkę piersiową.
Rok później Papież odwiedził sanktuarium w Fatimie, gdzie zostawił pocisk mordercy w podzięce Matce Bożej za to, że uratowała mu życie.
13 maja 2000 roku Papież beatyfikował Franciszka i Jacinthe Marto, dwoje z trojga dzieci widzących Matkę Bożą w Fatimie w 1917 roku, w obecności żyjącej jeszcze w tym czasie siostry Łucji. W tym samym roku opublikował „trzecią tajemnicę” z Fatimy: wizję Siostry Łucji męczeństwa „biskupa ubranego na biało” w otoczeniu innych Katolików.
W 2002 roku papież Jan Paweł II wpisał 13 maja do kalendarza Kościoła katolickiego jako wspomnienie dowolne święta Matki Bożej Fatimskiej.