En 1291, cuando los cruzados abandonaron definitivamente Tierra Santa y los ejércitos musulmanes, en su avance, saquearon todos los monumentos sagrados de la cristiandad, los muros de la casa de la Santísima Virgen en Nazaret fueron transportados, primero a Dalmacia (actual Albania y Croacia), y luego, en la noche del 9 al 10 de diciembre de 1294, al antiguo territorio de Recanati (Italia, cerca de Ancona), primero, no lejos del puerto y, finalmente, a la colina donde todavía se encuentra la casa de María (Loreto).
Según una tradición popular, nunca cuestionada por la larga lista de papas que mostraron su amor por la Santa Casa de Loreto, fue con la ayuda de los ángeles que Dios intervino a favor de la Santa Casa y su traslado. Aunque ciertas conclusiones de investigaciones históricas y arqueológicas contemporáneas confirman los puntos más importantes de dicha tradición; sin embargo, fue más bien a través de la acción de los hombres que Dios protegió la Casa de su Madre.
La basílica de Nazaret y la basílica de Loreto son como dos hermanas siamesas, porque cada una contiene una parte de la Casa de María, dos partes que, según la tradición, han sido separadas entre sí. Así lo confirman los resultados de las excavaciones arqueológicas realizadas en Nazaret, en la Iglesia de la Anunciación, entre 1955 y 1960, y en Loreto, en el sótano de la Santa Casa entre 1962 y 1965.
En Nazaret, las excavaciones han demostrado que la casa de la Virgen, como las demás casas de los alrededores, constaba de una gruta excavada en la roca, que servía de anexo, y una sala de tres paredes que se levantaba en la boca de la cueva. Si lleváramos nuevamente la Santa Casa de Loreto a Nazaret y la situáramos frente a la gruta, las dos partes se complementarían y embonarían notablemente. Las excavaciones también han confirmado que, desde tiempos apostólicos, la Casa de María fue considerada una reliquia.
En Loreto, según cuenta la tradición, se descubrió que la Santa Casa era bastante atípica. Tiene una serie de anomalías y sinsentidos: no cuenta con cimientos mientras que las otras casas de la zona los tienen; parte de sus muros es de piedra, un material no usado en este lugar por falta de canteras; su única puerta está orientada al norte, por lo que está expuesta a todas las inclemencias climáticas; su única ventana mira al oeste, que solo puede recibir iluminación limitada, etc. Pero lo que e
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