Desde el primer año después de la fundación del monasterio, los monjes reunidos en la iglesia habían visto una columna de luz surgir del altar, y transformarse en una barca luminosa que llevaba a la Virgen, los ángeles (los apóstoles y los santos caballeros, Teodoro, Jorge y Mercurio) y también los niños inocentes exterminados por Herodes Y como la Virgen ordenase a los monjes asociar el pueblo a ese milagro, un peregrinaje sería organizado. Este duró cinco días y reunió en inmensos campamentos a peregrinos egipcios, etíopes, maronitas, griegos, nestorianos, latinos e incluso musulmanes. Los fieles adoptaron la costumbre de lanzar hacia la cúpula de la iglesia, en el momento de la aparición, sus turbantes y bufandas, a veces la Virgen consentía en tocar uno u otro. Además, podían pedir y obtener ver alrededor de la Virgen a sus parientes difuntos, como si estuviesen vivos. Las apariciones del monasterio de Al-Maghti en Etiopía, gracias al Libro de los milagros de María, son incluso mencionadas en la sinaxaria etíope. Según ese Libro de milagros, confirmado por el geógrafo Al-Maqrizi (muerto en 1441), el monasterio fue destruido en 1438, durante el ramadán, por orden del sultán mameluco Barsbay al-Malik al-Ashraf Sayf ad-Dan.