De Pâques 1896 jusqu’à son décès un an et demi plus tard, Thérèse vit une nuit de la foi à travers laquelle elle se sent séparée de la certitude du Ciel, de la Patrie céleste comme par « un mur qui s’élève jusqu’aux cieux » ; mais elle reconnaît en Marie « plongée dans l’angoisse du cœur » l’exemple de l’âme qui cherche le Seigneur « dans la nuit de la foi ». « Non, la Sainte Vierge ne sera jamais cachée pour moi. »
Pendant la retraite de septembre 1896, elle comprend de manière nouvelle son appel à l’amour infini : « Ma vocation, c’est l’amour... Oui j’ai trouvé ma place dans l’Église... dans le Cœur de l’Église, ma Mère, je serai l’Amour... ainsi je serai tout. »
La dernière poésie qu’elle écrit en mai 1897 s’intitule Pourquoi je t’aime ô Marie. Dans cette poésie, « j’ai dit tout ce que je prêcherais sur elle », affirmera-t-elle au mois d’août, dans les grandes souffrances de sa maladie. On retrouve dans cette poésie le fruit des méditations de Thérèse, qui lisait « par-dessus tout l’Évangile » pour y découvrir Marie « dans sa vie réelle ».
En juin 1897, elle poursuit l’écriture de l’histoire de sa vie, le Manuscrit C, dédié à la Mère prieure Marie de Gonzague. Elle y montre la manière de vivre dans la nuit « quand il ne reste que l’amour », la joie d’aimer comme Jésus aime, la puissance de la prière « qui dilate le cœur et unit à Jésus ». Elle reconnaît qu’elle a eu « toute sa vie tant de mal à dire (s)on chapelet » :
« J’ai beau m’efforcer de méditer les mystères du rosaire, je n’arrive pas à fixer mon esprit... Longtemps je me suis désolée de ce manque de dévotion qui m’étonnait, car j’aime tant la Sainte Vierge qu’il devrait m’être facile de faire en son honneur des prières qui lui sont agréables. Maintenant je me désole moins, je pense que la Reine des Cieux étant ma Mère, elle doit voir ma bonne volonté et qu’elle s’en contente… La Sainte Vierge me montre qu’elle n’est pas fâchée contre moi, jamais elle ne manque de me protéger aussitôt que je l’invoque. »