Les colonisateurs espagnols arrivèrent dans cette région de Colombie aux alentours de 1500. Ils y ont trouvé les tribus indigènes Chibchas (ou Muiscas) et les Taironas, lesquelles furent décimées ou conquises. Le mouvement indépendantiste débuta en 1810 et triompha en 1819.
Les divisions au sein du pouvoir interne conduisirent en 1830 à la séparation des départements qui composaient alors la « Grande Colombie » : le Venezuela, l'Équateur et la Colombie. À la suite de cette séparation, les divisions internes demeurèrent, déclenchant ainsi une guerre civile qui aboutit à la sécession de Panamá en 1903, avec l'ingérence des États-Unis.
La Colombie connut, depuis les années 1960 et jusqu’en 1991, un conflit armé impliquant des guérillas telles que les Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC) et des groupes paramilitaires d'extrême-droite opposés entre eux et opposés au gouvernement colombien. En outre, le trafic de stupéfiants y est une importante source de tensions !
Pourtant, en Colombie, non seulement des paroisses portent des noms marials mais aussi des régions, des fleuves, des montagnes, des plages, des villes et villages et des rues portent aussi le nom de Marie. C’est une population entière qui s’est tournée vers Marie. Sous le pape Pie XII, le président récitait tous les samedis le petit office de Notre Dame, les députés se plaçaient sous la protection de Marie et promettaient de défendre le mystère de sa conception immaculée, les soldats combattaient le Rosaire à la main et proclamaient Marie leur capitaine. Et Pie XII appelait ce pays « Jardin de Marie ».
Le sanctuaire national est celui de Notre-Dame de « las Lajas », près de la petite ville de Ipiales. Mais c'est à Chiquinquira que le pape Jean-Paul II consacra le pays à la Vierge Marie, le 3 juillet 1986.