Le Rosaire était la façon habituelle de Padre Pio de converser avec la Vierge Marie. Il appelait son chapelet son « arme » qui lui permettait de vaincre tout et de tout obtenir.
Remercier la Vierge Marie était pour lui le chemin obligé pour rendre grâce à Dieu.
Lui-même fut favorisé d'une grâce particulière. En août 1959, après un parcours dans plusieurs villes italiennes, la statue de Notre-Dame de Fatima était arrivée à San Giovanni. Une foule immense était présente. La statue était à peine entrée dans l'église que Padre Pio alla à sa rencontre. Les larmes aux yeux, il la baisa affectueusement et lui plaça son chapelet dans les mains. Très malade, il retourna aussitôt dans sa cellule d'où il regarda la statue repartir en hélicoptère.
Il s'écria alors : « Mamma mia, je suis tombé malade quand tu es entrée en Italie. Je t'en prie, ne pars pas en me laissant malade. » Inclinant la tête, il se sentit aussitôt guéri. Celle par qui il avait obtenu tant de grâces venait d'exaucer sa prière.
Lui, le ministre de la réconciliation, aimait dire : « Je voudrais avoir une voix assez forte pour inviter les pécheurs du monde entier à aimer la Sainte Vierge. »