Le premier missionnaire, S. Francesco Saverio, débarqua au Japon en l'an 1549, le jour de l'Assomption. En moins de 40 ans, 300 000 Japonais avaient embrassé la foi. Mais le Japon se ferma et la persécution arriva très vite aussi, et elle dura 250 ans, jusqu'au milieu du XIX° siècle où le Japon réouvrit ses portes aux monde extérieur. Cette persécution fut cruelle. A Nagasaki fut retrouvée une église dédiée à 26 martyrs qui y furent crucifiés probablement le 5 février 1597. Durant la seule année 1694, 30 000 chrétiens furent massacrés. La liberté religieuse fut accordée en 1868, puis inscrite dans la constitution de 1947. Les chrétiens (catholiques, orthodoxes et protestants ensemble) sont aujourd'hui 1% de la population. D'un point de vue marial, le Japon a été marqué par le passage de saint Maximien Kolbe, de 1930 à 1933. Le siège éditorial de sa revue dans le faubourg de Hongochi de la ville de Nagazaki est un couvent baptisé "Mugenzai no Sono" (Jardin de l'Immaculée). Après l'explosion atomique, en 1945, il demeurera presque intact et personne ne périt dans son enceinte.