Deux cents Polonais avaient apporté de Pologne une image de ND de Czestochowa, et ils l'ont posée par terre devant le fauteuil du Pape en priant pour lui avec ferveur. L'opération a duré cinq heures et vingt minutes. L'état du blessé était considéré comme très grave. La tension était extrêmement basse. Mgr Dziwisz avait donné l'extrême onction au Pape : "Mais l'espoir est revenu graduellement pendant l'opération. Au début, c'était l'angoisse. Puis il s'est révélé peu à peu qu'aucun organe vital n'était touché, et qu'il restait une possibilité de vie". Le pape avait perdu les trois quarts de son sang, et la transfusion sanguine allait lui transmettre un virus. Il est resta longtemps en réanimation, mais cinq jours après l'attentat, reprenant à son compte un proverbe polonais, il déclara : "Une main a tiré ; une autre a dévié la balle". Il avait demandé à l'évêque de Fatima qui était à Rome de venir lui parler sur son lit d'hôpital du message de la Vierge et dès l'angélus du dimanche suivant, dans un message enregistré depuis sa chambre d'hôpital, il confiait l'humanité au Coeur Immaculé de Marie. Un an plus tard, le 13 mai 1982, il ira remercier la Vierge à Fatima et une des balles sera sertie dans la couronne de la statue de la Vierge. Puis le 25 mars 1984, il fera enfin en union avec tous les évêques du monde, la consécration du monde au Coeur Immaculé de Marie demandée par la Vierge et la Russie sera libérée du communisme juste après, sans aucune effusion de sang. Le 13 mai 2000, à Fatima, lors de la béatification des deux pastoureaux, Jacinta et Francisco, il révèlera le contenu de la dernière partie du message de Fatima, qui parlait des souffrances de l'Eglise et de "l'évêque vêtu de blanc", frappé par des "coups d'arme à feu" en indiquant qu'il y voyait une annonce de l'attentat du 13 mai 1981. Et c'est encore devant cette statue de Fatima que, le 8 octobre 2000, lors du Jubilé des évêques, le Pape prononça, place Saint-Pierre le solennel Acte de confiance par lequel il confiait le III° millénaire à la protection de la Vierge Marie.