Après le miracle de l'huile bouillante, l'Empereur possiblement effrayé ou impressionné l'exile alors dans l'île de Patmos où il recevra en 96 la vision de l'Apocalypse, après avoir évangélisé l'île avec son scribe Prochore. Si certains exégètes modernes doutent de l'attribution de l'Apocalypse à Jean, la Tradition (Justin, Irénée, Jérôme, Clément, etc.) est unanime et les petites discussions qui ont pu exister à ce sujet au IV° siècle ont été closes par le Concile de Tolède qui conclut en 633 : « L'autorité de beaucoup de conciles et les décrets synodiques des saints évêques romains établissent que le livre de l'Apocalypse est de Jean l'Evangéliste et statuent qu'il doit être rangé au nombre des divins Livres. Or, il en est beaucoup qui ne reçoivent pas son autorité et refusent de la proclamer dans l'Eglise de Dieu. Si quelqu'un désormais ne la reçoit pas et ne la reconnaît pas publiquement dans l'Eglise au temps des messes entre Pâques et Pentecôte, il sera frappé d'une sentence d'excommunication. » (ch 17, Dnz 486). Dès lors, et jusqu'au XIX° siècle, la Tradition a été absolument unanime dans toutes les Eglises apostoliques comme sur place, dans l'île de Patmos. Jean retournera ensuite à Ephèse, et ce sera même sa période la plus active sur le plan apostolique, selon les Apocryphes (Actes de Jean, Actes de Prochore). Jean publiera finalement en grec avec son scribe Prochore la substance affinée de son enseignement oral, et ce sera l'Evangile spirituel, entièrement centré autour du mystère de l'Incarnation du Verbe, manifestant pleinement la divinité du Christ. « L'acuité de son intelligence spirituelle fait comparer l'Apôtre Saint Jean à un aigle (...) l'Apôtre parle de la divinité du Seigneur comme nul n'en a jamais parlé. Il rendait là ce qu'il avait vu lui-même, car son propre Evangile raconte, non sans motif, qu'à la Cène il repose sur la poitrine du Seigneur (St Augustin Traité 36,1). C'est un Evangile unique et essentiel, qui reflète la personnalité unique de son auteur : « Il faut oser dire que, de toutes les Ecritures, les Evangiles sont les prémices et que, parmi les Evangiles, les prémices sont celui de Jean, dont nul ne peut saisir le sens s'il ne s'est renversé sur la poitrine de Jésus et n'a reçu de Jésus Marie pour mère. » (Origène)