Pendant les 40 ans qui suivront le départ de Marie, Saint Jean sera, selon la Tradition, le grand enseignant des évêques et disciples de la première génération (comme Ignace ou Polycarpe, qui formeront à leur tour Pothin et Irénée), qu'il reçoit et forme longuement en séminaires de tradition exclusivement orale, à Jérusalem, puis à nouveau Ephèse, jusqu'à l'avènement de Domitien qui est le premier Empereur de Rome à vouloir durablement se faire adorer comme un dieu de son vivant. A Ephèse, où Jean réside régulièrement, Domitien fait construire un Temple imposant de 64 mètres par 85, avec un périptère de 24 mètres sur 34, ainsi qu'une statue gigantesque le représentant. L'équipe d'archéologues autrichiens qui a travaillé sur le site d'Ephèse précise qu'il a aussi financé sur place une fontaine, un troisième système d'adduction d'eau, le pavement de l'Embolos, et un nouveau gymnase et qu'il avait sur place un « délégué à la construction » le procurateur Ti. Claudius Clemens (d'après : Helmut Halfman, Ephèse et Pergame urbanisme et commanditaires en Asie Mineure - Ausonius 2004). Jean, qui est alors le dernier Apôtre encore en vie, n'a pas dû rester silencieux devant le blasphème de Domitien parce qu'il est traduit, en 94 selon plusieurs traditions, à Rome devant l'Empereur, qui le questionne et le soumet au supplice de l'huile bouillante, à la Porte Latine, devant le temple de Diane, qui est l'Artémis d'Ephèse. Plusieurs écrivains anciens (Polycarpe, Tertullien, Jérôme, Ambroise, Bède le vénérable, et les Apocryphes d'Abbdias, de Jean ou de Prochore) rapportent le miracle qui est fêté depuis, chaque année, à Rome le 6 mai : « Il sortit de la chaudière plus frais et plus vigoureux qu'il n'y était entré. » (Saint Jérôme). Tertullien insiste sur les 3 grands martyrs de l'Eglise de Rome : « Si tu vas en Italie, tu trouves Rome, où toute autorité est à notre disposition. Oh ! Combien est heureuse cette Eglise (de Rome) où quelques apôtres ont répandu toute la doctrine et versé leur sang ; où Pierre subit un martyre semblable à celui du Seigneur Jésus ; où Paul reçut la même couronne que Jean (le Baptiste) ; et où l'apôtre Jean immergé dans l'huile bouillante ne fut pas endommagé et fut condamné à l'exil dans l'île. »