En prison on le laisse trois jours et demi sans manger. Il reçoit la visite du curé d'Anès qui lui paye enfin la nourriture et le réconforte. Un jeune jésuite, le Père José-Luis, vient le voir à son tour. Il trouve le prisonnier grelottant de froid. On est en plein hiver et le malheureux n'a qu'un maillot de corps. Le Père quitte sa soutane, enlève chemise et pull-over et les lui donne. Ce simple geste ouvre le coeur de l'assassin déjà bourrelé de remords. Le jour même, Juan-José reçoit le sacrement de Pénitence. Toute son existence est changée. Il revit les moments de ferveur passée. Il comprend qu'il doit sa conversion à la communion des neufs premiers vendredis du mois, accomplie autrefois. De la prison Vitoria, il écrira : "Heureux jour que celui où je suis entré dans cette prison ! C'est là que j 'ai appris à prier, à pleurer mes péchés, à suivre le chemin du ciel..." Le 28 novembre 1951 Juan-José est condamné à mort par strangulation. Seul dans sa cellule, il se résigne peu à peu. Sa cellule évoque celle d'un chartreux. Près du lit un crucifix et une image de la Sainte Vierge. Il lit la Bible et l'Imitation. Tous les jours, il récite quatre chapelets, fait sa méditation, son chemin de croix et communie quotidiennement. Il se prive de tabac, de café, de dessert. Les cadeaux qu'il reçoit sont distribués à ses compagnons des cellules voisines. Après sa mort on trouvera sur lui son cilice ensanglanté. Une nuit, il aperçoit en songe Sainte Thérèse de l'Enfant Jésus qui lui parle de Jésus et lui promet son intercession. Début 1953, il sollicite et obtient du Pape Pie XII une bénédiction apostolique pour l'heure dernière. L'exécution est fixée au 13 juin. Lors de la dernière viste de sa mère et d'une de ses soeurs, il leur remet son image funèbre : un beau Christ et Notre-Dame des sept Douleurs . Il passe l'ultime nuit en prière. A 5 heures 30 il assiste à la messe célébrée par le P. Luis, puis à une seconde messe.. Il communie avec ferveur. L'heure arrive. Juan-José est parfaitement calme et même souriant. Quatre prêtres psalmodient des invocations... Le dernier mot du condamné : "Coeur Sacré de Jésus, j'ai confiance en vous. Sainte Marie, priez pour moi !" Selon les voeux du condamné, les quatre prêtres entonnent le Te Deum. Un témoin dira : "II se forge des saints dans les prisons espagnoles."